Этот заповедник внесен ЮНЕСКО в реестр «сокровищ биосферы».
С момента основания охраняемая территория парка значительно увеличилась. Расположенная в Западно-Африканской зоне разломов, к настоящему моменту она занимает 2500 квадратных километров, включая Национальный парк Королевы Елизаветы, заказник Кайамбура и заказник Кигези. Охраняемая территория простирается от предгорья гор Рувензори на севере и до границ парка Ишаша на юге и охватывает 5 административных округов: Кабароле, Касесе, Бушеньи, Рукунгири и Канунгу.
Охраняемая территория Парка Королевы Елизаветы охватывает разнообразные зоны естественной среды обитания от саванны и заболоченных земель до берегов реки и пойменных лесов. Это удивительно разнообразная экосистема с преобладанием воды и 250 километрами озерных берегов. Озеро Эдвард, канал Казинга, озеро Джордж, река Ишаша и ряд вулканических озер обеспечивают естественную среду обитания для млекопитающих и птиц, предлагая замечательную возможность для посетителей наблюдать за ними, а также захватывающий пейзаж и ландшафт.
Национальный парк Королевы Елизаветы содержит больше видов млекопитающих, чем любой другой парк в Уганде, имея 95 зарегистрированные видов, живущих как в саванне, так и в лесу. Это слон, буйвол, гиппопотам, мангуста и бородавочник, 10 видов приматов, включая шимпанзе, черных и белых мартышек, оливковых бабуинов, краснохвостых и зеленых мартышек, около 20 видов хищников, включая львов, леопардов, пятнистых гиен и полосатого шакала, и многочисленные виды антилоп, включая болотного козла, лесную антилопу, водяную антилопу, антилопу топи, шарахающуюся и пугливую околоводную антилопу наконг и четыре вида южноафриканской антилопы дукер. Правда, во время трудных лет конца 70-х начала 80-х, дикая природа страдала от рук браконьеров, и популяция млекопитающих Парка Королевы Елизаветы была сильно снижена, однако в данное время, с принятыми необходимыми мерами по защите фауны со стороны государства, число животных восстановилось, и посетители снова могут наблюдать дикую природу.
Буйвол и слон в Парке Королевы Елизаветы олицетворяют две основные среды обитания, соединившиеся в одну. Многие буйволы имеют рыжеватую окраску, что характерно в виду скрещивания с подвидами из конголезских тропических лесов, а многие слоны очень похожи на своих небольших лесных собратьев.
Многочисленно и количество птиц в Парке Королевы Елизаветы. Считается, что насчитано более 611 зарегистрированных видов согласно последнему официальному подсчету, что является самым высоким показателем среди всех национальных парков мира.
Расположение парка объединяет несколько различных экосистем, которые типичны как для Восточной, так и для Центральной Африки, и является домом для бесчисленных видов, включая коренных обитателей долины Альбертин Рифт и множества мигрирующих птиц. В 1997 году здесь была открыта станция для наблюдения за местными и мигрирующими птицами парка, делающая особый акцент на ежегодную миграцию птиц через долину Альбертин Рифт.